くるみはポリフェノールを豊富に含んでおり、その量はナッツ類で最大です。ポリフェノールは、腸内細菌叢の整備や腸内生理活性物質の産生を促進し、善玉菌を増殖させる働きを持つプレバイオティクスとして作用することも報告されています。さらにポリフェノールの抗酸化作用は、血管や神経の保護、免疫強化が期待されています。

くるみには、体内で生成されない必須脂肪酸の1つである、オメガ3脂肪酸(α-リノレン酸)がナッツ類で最も多く含まれています。くるみに含まれるオメガ3脂肪酸は、ひとつかみのくるみ（約28ｇ）あたり、2.5ｇ。オメガ３脂肪酸は、身体の免疫調整や、炎症を鎮め、腸内環境をサポートすることが報告されています。さらに腸内環境に悪影響を与える肥満や生活習慣予防にも期待されています。